Для учета прокси нужно в директории /etc/apt/ создать файл настроек apt.conf
sudo nano apt.conf
И в нем прописать следующие строки:
Acquire::http::proxy "http://username:password@proxy_addr:3128/";
Acquire::https::proxy "https://username:password@proxy_addr:3128/";
Для Ваших нужд может потребоваться и ftp-протокол:
Acquire::ftp::proxy "ftp://username:password@proxy_addr:3128/";
На всякий пожарный отмечу, что при прокси-подключениях для самопроверки не стоит полагаться на команду ping; в сторону инета он не проходит.